Abstract:
El mapeo de asociación, en sus dos modalidades de estudio de
asociación del genoma completo (GWAS (Genome wide Association Study)
como d el gen candidato, es un método de mapeo de loci de herencia
cuantitativa (QTL, Quantitative Trait Loci ) que tienen como fin asociar fenotipos
a marcadores moleculares y descubrir así marcadores útiles para el
mejoramiento genético. A diferencia del mapeo tradicional, la población de
mapeo está formada por un panel de líneas que suelen estar emparentadas y
en conjunto p resentan estructura genética, propiedades que promueven la
ocurrencia de falsos positivos en las asociaciones fenotipo marcador. El
objetivo de este trabajo fue utilizar un caso de mapeo de asociación de la
respuesta fotoperiódica del tiempo a floración en maíz (gen candidato ZmCCT )
como modelo de estudio de caracteres agronómicos complejos, de manera de
probar diferentes metodologías estadísticas y sets de datos para verificar
reproducibilidad de resultados y ajustes de modelos de asociación. Como
resultad o se logró establecer en el panel de maíz , relaciones de estructura
genética similares a las originales tanto con polimorfismos de nucleótido simple
(SNP, Single Nucleotide Polymorphism ) como con microsatélites (SSR, Single Sequence Repeat ). El método del gen candidato permitió identificar a los dos
SNP ligados al gen candidato ZmCCT del cromosoma 10, según lo informado
previamente. El GWAS, por el contrario, empleando otro set de datos y
población a lo utilizado originalmente , no logró identificar SNP sufi cientemente
cercanos a ZmCCT. Los modelos de análisis generalizado lineal (GLM) y lineal
mixto (MLM) brindaron diferentes cantidades de asociaciones significativas, las
que a su vez variaron según el ajuste por estructura y parentesco. Los datos
fenotípico s promediados por ambientes redujeron el número de asociaciones
significativas comparado con los datos fenotípicos por ambiente individual. Fue
posible una reproducción parcial de los resultados originales informados según
los tipos de marcadores, poblacio nes, modelos y ajustes utilizados.
