Análisis morfológico y molecular de aislamientos de Fusarium spp. obtenidos a partir de muestras de suelo de regiones sojeras de Argentina

Abstract

El género Fusarium abarca más de 400 especies de hongos, y se anticipa que continúen siendo descriptas nuevas especies en el futuro. Las especies de este género son habitantes naturales del suelo, causando diferentes patologías en cultivos de importancia agronómica en Argentina, lo cual conlleva grandes pérdidas de rendimiento. En el cultivo de soja existen diferentes enfermedades causadas por Fusarium spp. El objetivo de este trabajo fue estudiar la variabilidad morfológica y molecular en aislamientos de Fusarium obtenidos a partir de muestras de suelo en diferentes localidades de Argentina. Para ello se analizaron 30 aislamientos de este género mediante tres caracteres: color de micelio, densidad de micelio y diámetro de la colonia a los 7 días de siembra en medio Agar Papa Dextrosa (APD). Posteriormente se llevó adelante la amplificación por PCR y secuenciación de dos fragmentos de las regiones genómicas conocidas Elongation factor 1-alpha (EF1) e Internal transcribed spacer +5.8S nrDNA (ITS). Las secuencias se editaron con el programa Bioedit y se buscó homología en la base de datos de GenBank mediante BLASTn. Uno de los aislamientos no presentó homología con el género Fusarium por lo cual se descartó de los análisis posteriores. Se encontraron secuencias pertenecientes a siete especies: F. oxysporum, F. graminearum, F. solani, F. acuminatum, F. neocosmoporiellum, F. triseptatum y F. cerealis. A partir de las secuencias de los aislamientos y de las secuencias publicadas en GenBank se encontraron 15 haplotipos para EF1 y 6 para ITS mediante el programa DnaSP v6. Se realizaron redes haplotípicas a través de la aplicación PopArt y estudios filogenéticos utilizando el método de reconstrucción filogenética de Neighbor Joining (NJ) con el programa MEGAXI y el método de inferencia bayesiana mediante el paquete informático BEAST 2.5. Además, se realizó un análisis conjunto con los haplotipos de las dos regiones génicas con el programa InfoGen utilizando el coeficiente de emparejamiento simple y la metodología de encadenamiento promedio. Se realizaron análisis a posteriori comparando las características morfológicas (fenotipo fúngico), considerando su lugar de colecta, y su clasificación molecular de especie (basado en EF1), no obstante, no se encontraron tendencias de ningún tipo. En conclusión, se encontró que las variantes haplotípicas de los aislamientos presentaron homología con secuencias presentes en la base de datos del GenBank pertenecientes a siete especies que pueden producir enfermedades en el cultivo de 7 soja según la bibliografía consultada. Una de ellas (F. triseptatum) no ha sido reportada en Argentina hasta el momento. El gen EF1 fue el que mejor permitió clasificar y agrupar a los aislamientos según las posibles especies de pertenencia que se habían encontrado por homología. Por otra parte, el gen ITS permitió discriminar hasta género, lo cual coincide con lo reportado en la bibliografía. Contar con información sobre el género y la especie de un patógeno es una herramienta fundamental para el manejo eficiente de los cultivos y el desarrollo sustentable de la agricultura.