Secuenciación del transcriptoma de Dalbulus maidis

Abstract

Los auquenorrincos (chicharritas o cotorritas) comprenden un grupo de insectos exclusivamente fitófagos, que pueden causar importantes daños económicos sobre los cultivos. Una de las enfermedades causadas por patógenos transmitidos por auquenorrincos es el achaparramiento del maíz o Corn Stunt Disease. Ésta es potencialmente una de las enfermedades más serias del cultivo de maíz desde Estados Unidos hasta el norte de Argentina, y puede ser un factor limitante al causar pérdidas parciales o totales en la producción en las zonas afectadas. En Argentina, Dalbulus maidis (Hemiptera: Auchenorrhyncha) es el único vector a campo conocido como transmisor del Spiroplasma kunkelii, patógeno causal del corn stunt. Dada su importancia como plaga en la agricultura, secuenciamos el transcriptoma de todos los estadíos del ciclo de vida de este insecto (huevos, 5 estadios ninfales y dos muestras de adultos). Utilizamos un pool de insectos para abarcar la mayor cantidad de genes expresados. Como la información genómica de Dalbulus maidis no está disponible, realizamos el ensamblado de novo. Se compararon los ensambles realizados con 3 programas: VELVET – OASES, ABySS y Trinity. Utilizando métricas como N50 y largo promedio de contig ensamblado, y medidas de cobertura como BUSCO y CEG, evaluamos los ensambles. Basándonos en los análisis, decidimos buscar genes del desarrollo en los ensambles de VELVET –OASES y Trinity. El porcentaje total de genes encontrado fue mayor para el ensamble de Trinity. Teniendo en cuenta los resultados previos, decidimos ensamblar el resto de las muestras con Trinity, obteniendo valores de métricas y coberturas muy buenos. Por último, mapeamos los reads al ensamble de Trinity y obtuvimos una medida semi cuantitativa de la expresión de los genes deldesarrollo encontrados. En este trabajo comparamos distintos métodos de ensamble de novo y nos quedamos con el que mejor se adaptó a nuestros datos y experimentos. También, pudimos encontrar genes del desarrollo expresados en el estado de huevo. Los transcriptomas de los demás estadios están listos para continuar con otros estudios.