Análisis del transcriptoma de Delphacodes kuscheli, vector del virus del Mal de Río Cuarto

Abstract

La creciente disponibilidad de métodos asequibles para la secuenciación de genomas completos, junto con el desarrollo de grandes proyectos de anotación genómica, ha generado una gran cantidad de datos que deben convertirse en información funcional. En este contexto, el análisis comparativo resulta fundamental tanto para comprender procesos evolutivos como para identificar genes en organismos previamente desconocidos. En este trabajo, se propuso caracterizar el transcriptoma del vector del patógeno causal de la enfermedad Mal de Río Cuarto (MRC), Delphacodes kuscheli Fennah (Hemiptera: Delphacidae). Para ello, se recolectaron ejemplares de todos los estadios del ciclo de vida del insecto, a partir de los cuales se realizó la extracción de ARN total y, posteriormente, se obtuvo el perfil de expresión génica mediante secuenciación de ARN (ARN-Seq) utilizando la tecnología Illumina. Las lecturas crudas obtenidas fueron pre-procesadas para evaluar su calidad y posteriormente ensambladas de novo en transcriptos, sin la necesidad de contar con un genoma de referencia. Las métricas de cobertura y completitud alcanzadas permitieron proseguir con la anotación génica, la cual se contrastó con diversas bases de datos asociadas a procesos como la ovogénesis, ecdisis y olfacción. De este modo, se logró inferir la identidad de un amplio repertorio de genes conservados en el insecto plaga. Este trabajo sienta las bases para futuros estudios funcionales y para el desarrollo de estrategias de manejo de plagas y control de vectores de enfermedades.